Die territoriale Geschichte Gommerns ist ungewöhnlich. Im 12. Jahrhundert gehörte die Burg zum askanischen Herrschaftsbereich. Ab 1269 war sie als Teil der Burggrafschaft Magdeburg im Besitz der Herzöge von Sachsen-Wittenberg. Zwischen 1283 und 1308 war Gommern an das Erzbistum Magdeburg verpfändet, von 1419 bis 1539 an die Stadt Magdeburg.
Nach dem Aussterben der askanischen Linie von Sachsen-Wittenberg gelangte das Gebiet 1423 an die Wettiner. Durch die Leipziger Teilung von 1485 gehörte es zunächst zur ernestinischen Linie. Nach der Niederlage der Ernestiner im Schmalkaldischen Krieg fiel Gommern 1547 an die albertinische Linie der Wettiner, aus der später die sächsischen Kurfürsten und Könige hervorgingen.
Damit war das Amt Gommern über Jahrhunderte eine sächsische Insel in einer Umgebung, die politisch zu Magdeburg, Brandenburg und später Preußen gehörte. Alte Karten müssen dadurch wie ein Flickenteppich ausgesehen haben. Grenzen verliefen nicht entlang moderner Landeslinien, sondern zwischen Dörfern, Äckern und einzelnen Herrschaftsrechten.
Von der Wasserburg aus wurden die zum Amt gehörenden Ortschaften verwaltet. Das Landesarchiv bewahrt umfangreiche Akten über Abgaben, Gerichtssachen, Bauangelegenheiten, Braurechte, Dienste, Grenzstreitigkeiten und die wirtschaftliche Nutzung des Amtsgebiets auf. Die Bestände reichen teilweise bis 1420 zurück.
Auch verkehrsgeografisch war Gommern gut eingebunden. Eine alte Handelsverbindung führte von Magdeburg über Gommern, Leitzkau und Zerbst weiter in Richtung Leipzig. Erst mit dem Ausbau moderner Chausseen und Eisenbahnstrecken im 19. Jahrhundert verlor diese Route an Bedeutung.